糟液中含有大量的有機物，并具有良好的可生物降解性能。所以，糟液的常規綜合治理流程是以生物處理中的厭氧反應器為核心，以回收糟液中的潛有能源和其他資源。為了保證糟液通過厭氧反應器回收沼氣的效果，糟液在進入反應器前應進行預處理。
通過厭氧反應器，將糟液中極大部分有機物轉化為沼氣，糟液的COD值也大幅度下降，但殘存的有機物濃度仍不能滿足國家規定的排放標準的要求。須接受進一步的處理，若先進行好氧生物處理，隨后再進行以混凝過程和氧化吸附等技術后處理，滿足排放標準的要求。混凝、過濾、氧化和吸附等處理方法稱為深度處理。
糟液綜合治理的常規流程可歸納為預處理，厭氧生物處理、好氧生物和深度處理等四部分組成。
1 預處理
厭氧反應器的糟液溫度可分為三類，高溫、中溫和常溫。高溫，其適宜溫度在50℃～56℃；中溫，其適宜溫度在35℃～40℃；常溫，則隨自然溫度而變化。
新鮮的糟液，其溫度在80℃以上，應先通過熱交換器回收熱能，將糟液降到適宜的溫度再進入厭氧反應器。
糟液在接受厭氧反應器處理時，通常采用的操作溫度是高溫和中溫。
厭氧反應器內的pH值是影響處理效果的主要因素之一，一般控制在Ph7左右。 【水處理技術】
進液的pH值不一定需要調整到反應器內控制的pH值范圍，因為進入反應器后，經反應器內料液的稀釋和生物化學反應可以改變進液的pH值。
糟液中的有機物主要是碳水化合物，在制取酒精過程中已被酸化，其中部分有機物是以揮發性有機酸的形式存在，使糟液的pH值偏酸性。但其進入厭氧反應器后，經稀釋和生物化學反應等作用，糟液的pH值很快調整到反應器內控制的pH值范圍。所以，糟液的pH值一般不需要進行預調整。
2 厭氧生物處理
糟液的厭氧處理是糟液綜合治理的核心工藝，常用的厭氧反應器有UASB、AF和厭氧接觸工藝等。
糖蜜糟液中硫酸鹽含量較高，一般采用中溫厭氧接觸工藝。因為在中溫狀態下，與高溫狀態時相比，反應器中硫酸鹽還原菌與產甲烷菌之間競爭利用乙酸的速度基本相同。因此，采用中溫厭氧反應器處理含高濃度的糖蜜酒糟時對反應器的甲烷產率影響不明顯。
淀粉糟液的厭氧處理，有采用一段法的，有的采用二段法的。一段法的，一般使用高溫UASB或高溫厭氧接觸工藝；采用二段法時，一般選用高溫UASB串聯中溫AF工藝，或高溫厭氧接觸工藝串聯中溫厭氧接觸工藝。
厭氧處理可使糟液的COD值下降75%～90%，即由數萬mg/L，下降到數千mg/L當環境允許時，可將厭氧反應器的出液灌溉農田，以增加土壤的肥力。但對排放標準比較嚴格的地區，厭氧反應器的出液需要好氧生物處理等工藝處置。
3 好氧生物處理
厭氧反應器的出液與廠內其他有機低溫度的廢水，如地面沖洗水、設備清洗水等合并，進行好氧生物處理。
由于混合廢水有機物濃度偏高，又屬釀造廢水，為防止好氧生物處理裝置出現污泥膨脹現象而影響正常運轉，好氧生物處理裝置一般選用生物膜類型的，如生物接觸氧化裝置、生物轉筒等。這些裝置可單一選用，也可多級串聯選用。
好氧生物處理工藝可降解混合廢水中COD值的75%～90%。其出水COD值一般在400mg/L～800mg/L。出水帶有較高的色度。在有城市下水道，其下游建設城市污水集中處理廠的地區，好氧生物處理的出水可直接排入城市下水道，如果該廠位于排放標準較為嚴格的地區，則好氧生物處理裝置的出水還需要進行深度處理。
4 深度處理
深度處理一般選用混凝沉淀、過濾、活性炭吸附等常規水凈化技術。這些技術可單一選用，也可多種串聯選用。
深度處理的出水已達到無色透明的程度，其COD值在100mg/L～150mg/L，滿足國家規定的污水綜合排放標準。
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